广州市白蚁防治所设6个内设机构：综合部、市场服务部、预防工程部、灭治施工部、计划财务部、科研检测部。

综合部：负责办公文书的草拟和审核，调配所内工作，协调沟通，确保各级精神意见上传下达，负责所的计算机及网络维护、消防安全和汽车使用的管理工作，负责人事、文书档案和工程档案的管理工作，负责组织职工参与各类培训、学习、教育、活动、及时更新管理知识和技术业务知识。

市场服务部：负责门市药品销售、接洽客户咨询、协助工程人员对工程登记、估价、急症、续约、回访、票据等工作的跟踪落实。

预防工程部：负责完成年度预防工作指标，负责完成直管房的白蚁灭治工作，及时处理相关事项，保证公房问题落实到位，负责制定预防工程合同、工程招投标书、施工技术方案，保证施工的规范和工程招投标的顺利进行，负责白蚁预防工程的实施，质量检测、回访等工作，定期对施工器材进行维护与保养。

灭治施工部：负责完成年度工程生产指标和任务，负责工程估价、制定工程施工方案、编写工程业务合同、进行白蚁灭治施工、复查报告等系工作，准确把握市场和客户的需要，保证对外服务质量。

计划财务部：全面组织和负责单位财务会计工作，制定、完善单位具体财务制度和内部控制制度，监督管理财务收支和预算执行情况，负责所内资金管理，保证资金的最合理运用。

科研检测部：负责制定科研技术的发展规划，实验技术成果和科研项目的申报，并组织制定实验室建设规划，负责实验室相关科研和检测工作的开展及各种检查和交流活动的组织和协调工作，负责组织制定实验中心仪器设备购置计划，负责制定测试大纲，检测实施细则，检测操作规程，负责质量手册的制定、批准、补充和修改工作，负责组织各类技术人员的培训、考核。